Das Innere der Kirche ist eine Symphonie aus Raum und Farbe. Eine breite Querwand teilt den Raum, typisch für Franziskanerkirchen, überspannt von einem beeindruckenden Fresko, das die Eleganz der Renaissance mit spontaner, dekorativer Grazie verbindet. Inmitten thront eine "Kreuzigung", umgeben von fünfzehn Bildern, die das Leben Christi zeigen, gemalt von einem begabten, doch leider unbekannten lombardischen Künstler zwischen 1495 und 1505.

Eine weitere Pracht ist das Fresko in der Kapelle rechts, gewidmet der Dormitio Mariae, mit einer Holzfigur in einer vergoldeten Urne. Dem Kreis des Gaudenzio Ferrari zugeschrieben, strahlt es eine besondere Anmut aus. Besonders wertvoll sind auch zwei andere Fresken, eines, das den Hl. Bernhardin zwischen den Heiligen Rochus und Sebastian zeigt, und die "Verkündigung" im Triumphbogen des Chors, zugeschrieben einem Maler aus dem Kreis von Ambrogio Borgognone.

Die Kirche birgt zudem Gemälde aus dem 17. und 18. Jahrhundert, alte Grabplatten und schmiedeeiserne Gitter aus dem 16. und 18. Jahrhundert. Eine der kostbarsten Kirchen im Tessin, die mit Ruhe und Ehrfurcht betrachtet werden sollte, im Besitz der Stadt Bellinzona.